Voor elk oppervlaktewaterlichaam en grondwaterlichaam zijn doelen in het kader van de Kaderrichtlijn Water afgeleid. Voor oppervlaktewaterlichamen geldt dat deze doelen betrekking hebben op de ecologische en chemische waterkwaliteit van het waterlichaam. De chemische doelen gelden overigens voor alle oppervlaktewateren, dus niet alleen de oppervlaktewaterlichamen.

Voor een uitgebreide toelichting op de afleiding van het GEP, zie de Handreiking MEP-GEP, de Handreiking MEP-GEP in een notendop en de recent uitgevoerde Collegiale toets MEP-GEP (eindrapport). De chemische doelen zijn vastgelegd in normen.

Voor de grondwaterlichamen zijn ook doelen afgeleid. Deze doelen hebben betrekking op de kwaliteit en kwantiteit van het grondwaterlichaam.
De milieudoelstellingen van de KRW worden in Nederland geïmplementeerd als milieukwaliteitseisen onder de Wet Milieubeheer. Dit gebeurt met een AMvB (AMvB Doelstellingen).

Het afleiden van de ecologische doelen en specifiek de inschatting van de ecologische effecten gebeurt veelal door ecologen. Deze kennis zit meestal bij de waterschappen. Als je als gemeente een ecoloog in dienst hebt, is het erg nuttig om deze in te zetten bij het afleiden van het GEP. Mocht dit niet het geval zijn, dan zal de rol van de gemeente, vanwege ontbrekende maatregel-effect kennis beperkt zijn.
Bij het bepalen van het GEP en het beoordelen welke maatregelen leiden tot significante schade aan functies, speelt de gemeente daarentegen een hele belangrijke rol. Hier gaat het immers om de afweging van functies in een gebied. Gemeenten kunnen hier duidelijk hun visie op de gewenste ontwikkelingen in een gebied inbrengen. Zie ook Huidige situatie.